L’Aquario di Trieste è stato inaugurato nel 1933 nell’edificio, affacciato sulla riva del mare, che allora ospitava la pescheria centrale della città e che oggi è dedicato ad esposizioni e incontri culturali.
Dei due piani espositivi l’inferiore ospita gli acquari, mentre in quello superiore è stato allestito un vivarium, con terrari e una vasca centrale nella quale è stato ricreato il biotopo degli stagni carsici.
Al piano terra nella grande vasca ottagonale di circa 10.000 litri sono ospitati piccoli elasmobranchi (squali e razze).
La fauna ospitata al Civico Aquario Marino è costituita da specie marine provenienti prevalentemente dal Golfo di Trieste, comprendenti vari gruppi di celenterati, anellidi, molluschi, echinodermi, crostacei e pesci.

L’Acquario propriamente detto si sviluppa al piano terra dove sono presenti una trentina di vasche di diverse dimensioni.
Le cinque vasche più grandi rappresentano i principali ambienti dell’alto Adriatico (allevamento di mitili, barriere artificiali sommerse, relitto, molo e ambiente pelagico), mentre le vasche minori ospitano le specie tipiche del Mar Mediterraneo, tra cui astici, aragoste, orate, branzini, scorfani, dentici, murene, cefali e mormore.

Il I° piano è invece occupato dal Vivarium, dove sono ospitate numerose specie di anfibi, rettili con particolare riguardo alla fauna del Friuli Venezia Giulia e delle regioni contermini.
Accanto ai tradizionali terrari, dove tra l’altro è possibile osservare le tre specie di vipere del Nord Est italiano, è presente un grande recinto dove è stato ricostruito l’ambiente degli stagni carsici. Qui si riproducono regolarmente gli ululoni, i rospi comuni e le rane verdi.
Accanto a questa struttura è presente un ampio terrario a sviluppo verticale dove a rotazione vengono ospitati grossi esemplari tropicali come iguana, pitoni e boa. Durante i mesi invernali (novembre-febbraio), agli animali delle zone temperate viene consentito di svolgere una sorta di letargo, per stimolarne la riproduzione e per mantenere un corretto equilibrio fisiologico. Per fare questo viene eliminata qualsiasi fonte di calore (faretti ad incandescenza, resistenze), vengono diminuite le ore di luce ed abbassata la temperatura generale delle vasche fino a circa 10°C.